Vědecká rada NTC je orgánem NTC s působností zejména v oblasti vědecké, výzkumné a další tvůrčí činnosti výzkumného centra. Rada projednává návrh strategického záměru NTC, každoročního plánu jeho realizace, schvaluje výroční zprávu o činnosti a hospodaření NTC, vyjadřuje se ke zřízení, sloučení, splynutí, rozdělení nebo zrušení odborů NTC a dalším záležitostem.

Vědecká rada zasedá nejméně jedenkrát v průběhu jednoho kalendářního roku. Předsedou vědecké rady je ředitel, který jmenuje a odvolává se souhlasem Akademického senátu ZČU ostatní členy vědecké rady.